3階にはさまざまな実験や工作を体験できる実験工作室、4階には船や歴史に関する資料を見ることができるライブラリーや展望テラスなどがあります。2F 大和展望デッキ3F 実験工作室ワークショップやサイエンスショーなど、科学を楽しく学べるプログラムを行います。3F 潜水艦展望テラス4F ライブラリー船や歴史に関する資料を見ることができるほか、大和ミュージアム収蔵の写真や図面をパソコンのデータベース検索により見ることができます。ライブラリー4F 呉港展望テラス 4階テラスからは、呉港を一望できます。かつて戦艦「大和」を建造したドック跡や、建造中の船舶、行き交う船などを見ることができます。